2009年3月26日，蛋白质工程及植物基因工程国家重点实验室在新生命科学大楼邓佑才报告厅召开了2008年重点实验室学术委员会暨实验室全体会议。国家重点实验室学术委员会主任、北京大学许智宏院士，国家自然科学基金委朱作言院士、中科院微生物学研究所方荣祥院士、中科院生物物理研究所王志珍院士、军科院基础所沈倍奋院士、医科院基础所强伯勤院士、中科院植物生理生态所陈晓亚院士、中科院生物物理研究所梁栋材院士、中科院遗传发育所薛勇彪教授、北京生命科学所柴继杰研究员、中国农业大学巩志忠教授、及室内学术委员赵进东院士、朱玉贤、苏晓东等14人出席了本次会议，重点实验室全体教师和同学们约200人出席了会议。会议由重点实验室学术委员会副主任赵进东院士主持，实验室主任朱玉贤教授做了实验室2008年工作总结报告，基因进化研究组顾红雅教授、蛋白质结构与功能关系研究组昌增益教授、细胞生长分裂调控研究组孔道春教授、植物激素信号转导研究组郭红卫教授先后在会上做了课题进展报告。报告会后进行了重点实验室2009年度实验室运行经费分配及开放课题评审，并讨论2009-2010年研究方向及实验室的调整与改革等议题。委员们认为，专项经费的分配问题、评定标准制定问题和评估机制等问题都需要进一步完善，评定时不仅要考虑到发表文章的影响因子，还应考虑到课题的创新及科学性，应该分出部经费用于资助具有潜力性和创新性课题，鼓励探索，资助创新性实验室的发展，为基础学科研究的科研工作者提供更为宽松的环境。要充分发挥实验室在蛋白质科学研究的优势，加大对蛋白质结构和功能生物学以及单分子研究的投入。利用北大多优势学科的资源，加强学院优势学科之间的合作。重点实验室建设要注重交叉学科的发展，与其他的优势学科进行合作，为实验室创造更广大的发展空间。此外，大多数研究小组的发展基本呈‘波浪形'，需要保护这类课题组处于波浪底时研究工作的开展。实验室引进人才时要求要严，进人后要为其提供条件，允许三年磨一匕首，这样才能稳住人才。最后，学委会主任许智宏院士做了总结发言，再次肯定了重点实验室一年来的进步，希望加强实验室的对外开放，加强国内和国际间的合作，为我国的科学教育事业作出新贡献。