遇赫 研究员
古代基因组学研究组
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E-mail：yuhe@pku.edu.cn
古代基因组学是利用考古或古生物样本中获取的遗传信息，研究其遗传背景和种群历史的技术。本实验室的研究方向为人和动物的古代基因组学，致力于探究：
1. 东亚地区人群的遗传历史、与欧亚大陆不同地区人群之间的遗传交流；
2. 家养动物的起源和扩散，以及其反映的人群迁徙和社会历史。
1. 旧石器晚期至青铜时期早期西伯利亚人群的遗传背景研究
贝加尔湖位于西伯利亚南部，人类在这一地区生活的历史可追溯到旧石器晚期，然而此前我们对这些人群遗传背景的了解十分有限。本研究分析了这一地区旧石器晚期至青铜时期早期的古代人类样品，发现旧石器晚期西伯利亚人群与早期美洲原住民存在密切联系，证明了针对旧石器时期西伯利亚人群的研究，对理解美洲原住民人群形成的时间、地点以及迁徙历史至关重要，为未来关于美洲人群历史的研究提供了重要的方向。同时我们综合古代人类基因组、病原体基因组与稳定同位素信号研究，描述了青铜时期早期西伯利亚与欧亚草原和东北亚等地区人群的遗传交流，展现了这一时期不同地区的人群和其携带的病原体具有跨欧亚大陆的快速流动性（Yu et al., Cell, 2020）。
2. 欧洲黑鼠的群体历史及其反映的人类社会历史研究
黑鼠（Rattus rattus）作为一种及其常见的人类伴生动物，其种群的迁徙和扩散历史的研究，可以帮助了解历史上人群的流动，以及社会经济发展的情况。本研究中我们首先通过与Dovetail公司合作，获得了一个从头组装（de novo）到染色体水平的高质量黑鼠参考基因组。随后我们使用这一参考基因组，分析了公元1世纪至今，来自欧洲和北非的黑鼠个体的基因组信息，发现6—10世纪欧洲大陆上的黑鼠种群经历了明显的种群替换，与过去动物考古研究中发现这一时期黑鼠在考古遗迹中消失这一现象吻合，可能与西罗马帝国的崩溃、开始于6世纪的君士坦丁大瘟疫，或气候转冷等因素有关（Yu et al., Nature Communications, Accepted）。
3. 中国家猫与野猫的遗传历史研究
作为备受人们喜爱的宠物，家猫的驯化起源和传播历史也吸引着大众的关注。它们的起源，以及中国本土野猫荒漠猫（Felis bieti）是否曾经被驯化或对中国家猫的基因库有贡献等问题，一直存在争议。我们在全国各地采集家猫和荒漠猫的样本，通过全基因组水平的系统发生和群体遗传学分析，证明了中国的家猫与世界其他地区的家猫一样，驯化自近东地区的非洲野猫（F. s. lybica），且青藏高原上的家猫普遍携带来自荒漠猫的基因渗入，交流事件发生年代极近，暗示家猫是近期才大量来到青藏高原并与荒漠猫发生交流，这与上世纪青藏高原上人口数量的增长相吻合（Yu et al., Science Advances, 2021）。
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周旭、韩雨、雷晓乐、梁雪原、刘欣萌、赵致晗、余文钦、张江月、施星宇、胡昌泰、王奕文、祝晨宇、岳海岩
